Darrien, ancienne compagne de cellule de Treize, débarque chez la jeune femme sans crier gare. La malheureuse a été poignardée. Treize découvre qu'elle a replongé dans la drogue. Elle demande à Chase de l'aider à la soigner. House, pendant ce temps, teste un médicament pour soigner sa jambe...

Treiber, le médecin légiste de l'hôpital, que ses collègues ne portent pas dans leur coeur, se blesse avec son scalpel après une autopsie. Wilson emmène House pour une virée en voiture sur la route de Cleveland. Chase dissimule l'absence de House à Treiber, tandis que Wilson, sous l'identité usurpée de Kyle Calloway, se fait remarquer par ses excentricités. Cependant, Taub et Park font une curieuse découverte dans le laboratoire de Treiber...

House prend en charge le cas d'un dealer. La voisine de House et Wilson les croit homosexuels mais chacun d'entre eux tente de la séduire.

Lors d'une séance avec son psychiatre, le docteur Nolan, House lui relate le cas d'une patiente arrivée aux urgences de l'hôpital. Elle souffre d'une maladie inconnue et d'amnésie sévère, ce qui rend son identification difficile. Grâce à ses effets personnels, House tente de découvrir qui elle est. Parallèlement, à la demande de Wilson, il retourne vivre dans son appartement. Il constate qu'Alvie, son compagnon de chambrée à l'hôpital psychiatrique, y a élu domicile et n'a pas hésité à vendre ses affaires. Alvie lui confie ses problèmes : ayant perdu ses papiers, il ne peut plus prouver qu'il est citoyen américain...

House traite un enfant prodige. Agé de seize ans, l'adolescent est champion de jeux d'échecs... Par ailleurs, Foreman est vraiment perturbé à cause de House : il pense même qu'il est en train de saboter son entretien d'embauche dans un autre hôpital

Nicole et Ted, deux jeunes gens, s'apprêtent à se dire «oui» à l'église. C'est alors que Ted est pris d'aphasie, et immédiatement conduit aux urgences. House, qui trouve tout cela bien curieux, cherche à en apprendre plus sur son patient. Il découvre ainsi que Ted est un gay «réhabilité» qui, refusant son homosexualité, a suivi une thérapie pour devenir hétérosexuel...

L'équipe prend en charge un père souffrant d'absences et de pertes de mémoires inexpliquées, voire de somnambulisme. Il élève une jeune fille de 12 ans qui semble avoir les mêmes problèmes que son père... Pendant ce temps, House apprend que Cuddy s'apprête à adopter un bébé. Elle rencontre la mère et remarque des éruptions étranges sur son bras. Son cas s'aggrave et Cuddy est prise dans un cruel dilemme : sauver la mère ou sauver le futur bébé ?

House se réveille sur le sol d'un hôtel abandonné, dans un état pitoyable, dans une odeur persistante de drogue et en compagnie d'un homme inconscient qui ne répond pas à ses appels. House veut tâter le pouls de son étrange partenaire. La voix de Kutner retentit : «Ne t'en fais pas. Il est mort». Puis : «D'ailleurs, tu es mort aussi». House tente de comprendre pourquoi il se retrouve là, avec son dernier patient, Oliver, venu pour des fractures mais en réalité à la recherche de stupéfiants. House se dit qu'il veut changer. Il se rapproche de la porte en flamme, mais Wilson et Foreman assistent impuissants à l'effondrement du bâtiment...

Charlotte, une femme âgée qui a passé les six derniers mois à s'occuper de son mari mourant, est admise aux urgences pour des troubles respiratoires. Le couple va devenir un véritable mystère quand l'équipe va découvrir que quand la condition d'Eddie s'améliore, celle de Charlotte empire.

Un riche businessman a entendu parler de la renommée de House et demande à Cuddy que House soigne son fils d'une maladie incurable. House n'ayant pas récupéré sa licence pour exercer, Cuddy lui demande de s'en occuper officieusement pendant que Foreman le surveillera.

Numéro Treize a purgé sa peine de prison. Elle est surprise de trouver House, qui l'attend, seul, devant la porte. Plutôt que de la déposer chez elle, il l'emmène à une compétition de tir au canon à air. Cependant, l'équipe s'occupe d'un professeur qui crache du sang et souffre de difficultés respiratoires. L'enseignant habite dans un appartement jonché de détritus. Les objets les plus hétéroclites y sont entreposés. Les collaborateurs du docteur House se demandent s'il ne faut pas chercher là la cause des symptômes éprouvés par le patient. De son côté, House essaie de découvrir pourquoi Numéro Treize a été incarcérée...

Le Dr House soigne une nonne qui présente des symptômes d'allergie mais manque de la tuer. Pour comprendre ce qui s'est passé, Chase se rend au monastère de la religieuse. Une visite qui, à défaut d'apporter des réponses médicales, ramène Chase à des questions personnelles. Alors que la santé de la nonne se dégrade à chaque fois qu'un nouveau traitement lui est administré, Cuddy décide d'enlever le dossier au Dr House.

Cuddy, House et les membres de son équipe accompagnent une équipe d'urgentistes sur les lieux d'un accident. Une grue s'est effondrée sur un immeuble à Trenton, causant de nombreuses victimes. Le grutier, retrouvé inconscient, est amené à l'hôpital. House, en explorant les lieux, trouve une femme rescapée, la jambe bloquée sous une poutre en béton. House lui brosse le tableau de la situation : soit on parvient à la sortir de là en l'amputant, soit on attend de pouvoir déblayer les gravats au risque de mettre sa vie en danger. Tout en entreprenant de la soigner sur place, House dispense ses conseils par téléphone à son équipe...

Un an a passé depuis que House a percuté la maison de Cuddy de plein fouet avec sa voiture. Conséquence de son geste : le praticien asocial est pour l'heure incarcéré et sous étroite surveillance dans un établissement pénitentiaire du New Jersey. C'est le moment pour lui de découvrir la rudesse du monde carcéral. Confronté à la violence d'un prisonnier hostile, House, ébranlé, sollicite l'aide d'un autre détenu. Lorsqu'un condamné montre des symptômes médicaux hors du commun, l'instinct du médecin se manifeste. House entreprend alors de trouver des solutions créatives pour soulager, avec les moyens disponibles, celui qui est devenu son patient...

L'effervescence règne au sein de l'hôpital «Princeton-Plainsboro», car un nouveau-né vient d'être enlevé dans la nursery de l'établissement. C'est son père qui a remarqué sa disparition et a donné l'alarme. Cuddy ordonne aussitôt la fermeture de l'hôpital, car tout porte à croire que l'enfant et son ravisseur se trouvent encore dans ses murs. Cuddy demande également au personnel de rester enfermé alors qu'elle organise les recherches. House, lui, tente d'esquiver les policiers et se réfugie dans une chambre où se trouve un patient mourant. Au bout d'un moment, il finit par s'intéresser à son sort...