Le Dr House soigne une nonne qui présente des symptômes d'allergie mais manque de la tuer. Pour comprendre ce qui s'est passé, Chase se rend au monastère de la religieuse. Une visite qui, à défaut d'apporter des réponses médicales, ramène Chase à des questions personnelles. Alors que la santé de la nonne se dégrade à chaque fois qu'un nouveau traitement lui est administré, Cuddy décide d'enlever le dossier au Dr House.

L'équipe prend en charge un père souffrant d'absences et de pertes de mémoires inexpliquées, voire de somnambulisme. Il élève une jeune fille de 12 ans qui semble avoir les mêmes problèmes que son père... Pendant ce temps, House apprend que Cuddy s'apprête à adopter un bébé. Elle rencontre la mère et remarque des éruptions étranges sur son bras. Son cas s'aggrave et Cuddy est prise dans un cruel dilemme : sauver la mère ou sauver le futur bébé ?

House prend en charge le cas d'un dealer. La voisine de House et Wilson les croit homosexuels mais chacun d'entre eux tente de la séduire.

Treiber, le médecin légiste de l'hôpital, que ses collègues ne portent pas dans leur coeur, se blesse avec son scalpel après une autopsie. Wilson emmène House pour une virée en voiture sur la route de Cleveland. Chase dissimule l'absence de House à Treiber, tandis que Wilson, sous l'identité usurpée de Kyle Calloway, se fait remarquer par ses excentricités. Cependant, Taub et Park font une curieuse découverte dans le laboratoire de Treiber...

Nicole et Ted, deux jeunes gens, s'apprêtent à se dire «oui» à l'église. C'est alors que Ted est pris d'aphasie, et immédiatement conduit aux urgences. House, qui trouve tout cela bien curieux, cherche à en apprendre plus sur son patient. Il découvre ainsi que Ted est un gay «réhabilité» qui, refusant son homosexualité, a suivi une thérapie pour devenir hétérosexuel...

A la surprise générale au sein de l'hôpital, Chase a été poignardé par un patient devenu violent et incontrôlable. Le médecin est conduit d'urgence au bloc opératoire. House, Park, Taub et Adams se retrouvent confrontés à Walter Cofield, chef du département de neurologie. Chacun à leur tour, il les interroge sur les symptômes du malade et essaie de déterminer avec eux les causes de cette crise psychotique. Après son opération du coeur, Chase ne sent plus ses jambes. House découvre la présence d'un caillot. Pourra-t-il être éliminé assez tôt pour qu'il conserve l'usage de ses membres inférieurs ? L'enquête se poursuit pour comprendre les raisons de ce drame survenu à l'hôpital...

Un accident de bus laisse House avec un sérieux trauma crânien et une amnésie partielle. Commençant à croire qu'un patient du bus avait une maladie qui menaçait sa vie, le médecin tente de se souvenir de qui il s'agissait et de quoi il souffrait...

Un professeur s'évanouit en classe et crache du sang. Maintenant que Cuddy s'occupe de son enfant, elle demande à Cameron de prendre en charge la gestion de l'hôpital et surtout de surveiller House. En même temps, Foreman doit prendre une décision très importante sur le traitement que doit prendre 13 pour sa maladie.

House se réveille sur le sol d'un hôtel abandonné, dans un état pitoyable, dans une odeur persistante de drogue et en compagnie d'un homme inconscient qui ne répond pas à ses appels. House veut tâter le pouls de son étrange partenaire. La voix de Kutner retentit : «Ne t'en fais pas. Il est mort». Puis : «D'ailleurs, tu es mort aussi». House tente de comprendre pourquoi il se retrouve là, avec son dernier patient, Oliver, venu pour des fractures mais en réalité à la recherche de stupéfiants. House se dit qu'il veut changer. Il se rapproche de la porte en flamme, mais Wilson et Foreman assistent impuissants à l'effondrement du bâtiment...

L'équipe de House doit s'occuper d'une jeune femme qui a une aventure avec 13. Elle a d'ailleurs fait une attaque dans son appartement. House ne se prive pas de fouiller la vie intime de son employée. D'ailleurs, House, toujours curieux, surveille Wilson grâce à son détective mais aussi Cuddy...

Numéro Treize a purgé sa peine de prison. Elle est surprise de trouver House, qui l'attend, seul, devant la porte. Plutôt que de la déposer chez elle, il l'emmène à une compétition de tir au canon à air. Cependant, l'équipe s'occupe d'un professeur qui crache du sang et souffre de difficultés respiratoires. L'enseignant habite dans un appartement jonché de détritus. Les objets les plus hétéroclites y sont entreposés. Les collaborateurs du docteur House se demandent s'il ne faut pas chercher là la cause des symptômes éprouvés par le patient. De son côté, House essaie de découvrir pourquoi Numéro Treize a été incarcérée...

Darrien, ancienne compagne de cellule de Treize, débarque chez la jeune femme sans crier gare. La malheureuse a été poignardée. Treize découvre qu'elle a replongé dans la drogue. Elle demande à Chase de l'aider à la soigner. House, pendant ce temps, teste un médicament pour soigner sa jambe...

En plein discours lors d'une soirée organisée en l'honneur de son départ à la retraite, le journaliste Fletcher Stone s'effondre. A son réveil, il est incapable d'articuler un mot. Le Docteur Foreman se charge de déterminer les causes de cette aphasie...

Un riche businessman a entendu parler de la renommée de House et demande à Cuddy que House soigne son fils d'une maladie incurable. House n'ayant pas récupéré sa licence pour exercer, Cuddy lui demande de s'en occuper officieusement pendant que Foreman le surveillera.

Le patient souffrant de la même maladie que Foreman est mort. Le docteur House souhaite pratiquer une autopsie mais Cuddy le lui interdit, arguant des risques de contamination. Une course contre la montre s'engage alors...